全基因组甲基化测序数据分析流程和详细步骤

全基因组甲基化测序数据分析流程大致如下：

1. 数据质控和预处理：包括去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等。

2. 参考基因组比对：将测序reads比对到参考基因组上，可以使用Bismark、Bowtie2、BWA-METH等工具。

3. 甲基化水平计算：根据比对结果，计算每个C位点的甲基化水平，可以使用Bismark、MethylDackel等工具。

4. 差异甲基化位点（DMR）鉴定：通过比较不同样本之间的甲基化水平，鉴定差异甲基化位点，可以使用Bismark、DSS、methylKit等工具。

5. 功能注释和生物信息学分析：对鉴定到的DMR进行生物信息学分析，包括基因功能注释、通路分析、GO分析等。

具体步骤如下：

1. 数据质控和预处理

首先需要进行数据质控和预处理，包括去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等。可以使用FastQC、Trimmomatic、fastp等工具进行质控和预处理。

2. 参考基因组比对

将去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等预处理后的测序reads比对到参考基因组上，可以使用Bismark、Bowtie2、BWA-METH等工具。其中，Bismark是一种专门用于全基因组甲基化测序数据比对和甲基化水平计算的工具，可以同时比对双端数据和单端数据。

3. 甲基化水平计算

根据比对结果，计算每个C位点的甲基化水平。可以使用Bismark、MethylDackel等工具进行甲基化水平计算。其中，Bismark可以在比对的同时进行甲基化水平计算，而MethylDackel则是一种专门用于甲基化水平计算的工具。

4. 差异甲基化位点（DMR）鉴定

通过比较不同样本之间的甲基化水平，鉴定差异甲基化位点。可以使用Bismark、DSS、methylKit等工具进行DMR鉴定。其中，Bismark可以直接进行DMR鉴定，而DSS和methylKit则需要先将甲基化水平计算结果进行输入。

5. 功能注释和生物信息学分析

对鉴定到的DMR进行生物信息学分析，包括基因功能注释、通路分析、GO分析等。可以使用DAVID、GSEA等工具进行生物信息学分析。