eggnogmapper.R
时间: 2024-04-24 21:26:37 浏览: 13
根据提供的引用内容,eggnogmapper.R是一个用于在基因序列中进行功能注释和直系同源预测的R脚本。根据引用\[1\]中的代码,eggnogmapper.R使用EggNOG数据库进行功能注释,并将基因与COG(Clusters of Orthologous Groups)进行关联。EggNOG数据库是一个公共数据库,包含了直接同源关系、基因进化史和功能注释\[3\]。根据引用\[2\],EggNOG5.0版本扩展了基础基因组集,包括来自25,038个基因组的4445个代表性细菌和168个古菌,以及477个真核生物和2502个病毒蛋白质组。eggnogmapper.R脚本可以通过调用EggNOG数据库的API来进行功能注释和直系同源预测。
#### 引用[.reference_title]
- *1* [使用eggNOG-mapper获取gene的COG](https://blog.csdn.net/Qiusc1999/article/details/125453053)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *2* *3* [NAR:eggNOG 5—蛋白功能层级注释数据库](https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/103016431)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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