blast的oufmt
时间: 2024-09-12 14:07:13 浏览: 42
使用python实现BLAST
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于比对生物序列的工具,它可以快速地查找数据库中与给定查询序列相似的序列。BLAST的输出格式(output format)多种多样,其中`oufmt`参数用于指定输出格式的具体类型。`oufmt`参数常用的值有以下几个:
- `0` 或者 `pairwise`:输出序列对的对齐方式(pairwise alignment),便于查看两个序列间的直接比对结果。
- `1`:输出XML格式的详细信息,适合需要进一步处理或分析的高级用户。
- `2` 或者 `tabular`:输出简单制表符分隔的表格形式,提供了每一对序列比对的统计信息。
- `3`:输出高级制表符分隔的表格形式,通常包含了更详细的比对结果和统计信息。
例如,如果你在使用命令行工具进行BLAST搜索时,可以通过以下方式指定输出格式为制表符分隔的表格形式:
```
blastn -query query.fasta -db database.fasta -outfmt '6 sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore'
```
在这个例子中,`outfmt '6 ...'` 表示输出格式为6,它是一个自定义的表格输出格式,后面跟着的参数指定了输出的列内容,如sseqid(数据库中匹配的序列标识)、pident(百分比身份)、length(匹配长度)等等。
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