conda安装DESeq2
时间: 2023-12-20 21:31:06 浏览: 370
DESeq2.R
以下是在conda环境下安装DESeq2的步骤:
1. 首先需要安装R语言和conda环境。
2. 打开终端或Anaconda Prompt,创建一个新的conda环境并激活该环境:
```
conda create -n deseq2_env
conda activate deseq2_env
```
3. 在该环境下安装R的必要依赖项:
```
conda install -c r r-essentials
```
4. 在R的交互命令行中安装DESeq2包及其依赖项:
```
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")
```
如果出现依赖项错误,可以使用以下命令安装特定版本的依赖项:
```
BiocManager::install("locfit", version = "1.5-9.2")
```
5. 安装完成后,可以在R的交互命令行中加载DESeq2包并开始使用:
```
library("DESeq2")
```
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