reducedDims
时间: 2023-11-07 12:03:50 浏览: 113
fastMNN函数用于降维数据,并将其存储在sce对象的reducedDims槽中。降维后的数据表示可以与其他较低维度的表示形式(如PCA)一样使用。需要注意的是,fastMNN函数不会生成批次校正的表达矩阵,因此其结果应仅作为降维表示来使用,适合用于绘图、聚类和轨迹分析等任务。
以下是使用fastMNN函数进行降维后的数据表示的一些示例代码:
```R
mnn_out <- fastMNN(celseq.data_rescaled, celseq2.data_rescaled, fluidigmc1.data_rescaled, smartseq2.data_rescaled, subset.row = metadata(sce)$hvg_genes, k = 20, d = 50, approximate = TRUE, BNPARAM = BiocNeighbors::AnnoyParam())
reducedDim(sce, "MNN") <- mnn_out$correct
# 绘制降维后的数据表示
p1 <- plotReducedDim(sce, use_dimred = "MNN", colour_by = "tech")
ggtitle(p1, "MNN Output Reduced Dimensions")
p2 <- plotReducedDim(sce, use_dimred = "MNN", colour_by = "celltype")
ggtitle(p2, "MNN Output Reduced Dimensions")
plot_grid(p1, p2)
```