NAMD 中的inp文件

NAMD是一款用于分子动力学模拟的软件，inp文件是NAMD的输入文件，用于设置模拟的参数和条件。inp文件包含了一系列的关键字和数值，用于设置分子体系、模拟步长、能量最小化、温度控制、压力控制、相互作用力场等等。以下是一个示例inp文件的部分内容：

# NAMD input file for protein simulation
structure       protein.psf
coordinates     protein.pdb

set temperature  310
set cutoff       12.0
set margin       2.0

# Force field parameters
parameters      par_all27_prot_lipid.inp
exclude         scaled1-4
1-4scaling      1.0

# Simulation parameters
timestep        2.0
stepspercycle   20
outputname      output
restartfreq     5000

# Periodic boundary conditions
cellBasisVector1 100.0 0.0 0.0
cellBasisVector2 0.0 100.0 0.0
cellBasisVector3 0.0 0.0 100.0
cellOrigin       0.0 0.0 0.0

# Electrostatics
PME              on
PMEGridSpacing   1.0

以上是一个简单的inp文件示例，其中包含了分子体系的结构和坐标、温度控制、相互作用力场、模拟步长、周期性边界条件等等。通过修改inp文件中的参数，可以控制模拟的各个方面，从而实现不同的分子动力学模拟。