但是我需要用写脚本控制给每个模块发送命令测试，使用第三方软件无法做到自动化

如果您需要进行自动化的测试，可以使用Python等脚本语言编写脚本来控制JTAG调试器，以实现对芯片内部各个模块的自动化测试。这需要您了解JTAG协议和调试器软件提供的API接口。

例如，以Segger J-Link为例，其提供了J-Link Commander命令行工具和API库，可以用于通过JTAG接口控制芯片。您可以使用Python编写脚本，调用J-Link Commander命令行工具或API库，实现对芯片内部各个模块的控制和测试。

类似地，其他JTAG调试器也提供类似的API接口，您可以根据具体情况选择适合您的JTAG调试器和脚本语言，并编写相应的脚本来实现自动化测试。