编写python脚本,读取目的基因的genbank格式文件,并输出无回车和空行的fasta文件,命名为gene_seq.fa。
时间: 2024-11-12 13:42:51 浏览: 65
你可以使用Python的生物信息学库如`BioPython`来完成这个任务。以下是一个简单的示例脚本,它会读取genbank文件并提取基因序列部分,然后将其转换为无回车和空行的Fasta格式:
```python
from Bio import SeqIO
def read_gb_file(input_file, output_file):
# 读取genbank文件
records = SeqIO.parse(input_file, "genbank")
# 创建一个空字符串来保存基因序列
gene_sequences = ""
# 遍历每个记录
for record in records:
# 提取基因的CDS部分(如果有多个CDS,这里我们只取第一个)
if "CDS" in record.features:
cds_feature = record.features[0]
seq = str(record.seq[cds_feature.location.start-1:cds_feature.location.end])
# 如果有CDS,将其添加到总的序列字符串中
if len(seq) > 0:
gene_sequences += ">{}\n{}\n".format(record.id, seq)
# 将结果写入新的Fasta文件
with open(output_file, "w") as f:
f.write(gene_sequences.strip()) # 使用strip()去除最后的换行符
# 调用函数,例如你的输入文件是'demo.gb',输出文件是'gene_seq.fa'
read_gb_file('demo.gb', 'gene_seq.fa')
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