KEGG Automatic Annotation Server使用详细步骤

KEGG Automatic Annotation Server（KAAS）是一种基于序列相似性的功能注释工具，可以将输入基因序列自动注释为KEGG通路和KO（KEGG Orthology）编号。以下是使用KAAS的详细步骤：

1. 访问KAAS网站：http://www.genome.jp/kaas-bin/kaas_main

2. 在“Input sequence”页面中，将待注释的基因序列粘贴到文本框中或者上传FASTA格式的文件。

3. 在“Method”页面中，选择注释方法。KAAS提供了三种方法：Bi-directional best hit (BBH), Single-directional best hit (SBH) 和 GHOSTX。BBH方法通常用于基因组水平的注释，而SBH方法适用于单个基因的注释。GHOSTX方法是一种更加准确的方法，但是速度较慢。

4. 在“Organism”页面中，选择注释的参考物种。KAAS提供了多种参考物种，包括细菌、真菌、植物和动物等。

5. 在“Output”页面中，选择注释结果的输出格式。KAAS提供了多种输出格式，包括KEGG PATHWAY、KEGG MODULE、KO和注释的基因列表等。

6. 点击“Execute”按钮，开始注释。注释完成后，KAAS会生成一个注释报告，包括注释的通路和KO编号等信息。

7. 下载注释结果。用户可以通过点击“Download”按钮下载注释结果，也可以通过点击“View”按钮查看注释结果的详细信息。

注意：KAAS仅能对输入序列进行功能注释，并不能进行基因预测和注释。如果用户需要进行基因预测和注释，可以使用其他工具，如Prokka、RAST等。