> cor(ex) Y X1 X2 X3 X4 <NA> Y 1.0000000 0.9629245 0.9726072 0.8026059 -0.3845773 0.9540910 X1 0.9629245 1.0000000 0.8837283 0.9174225 -0.2502265 0.9989563 X2 0.9726072 0.8837283 1.0000000 0.6936830 -0.5279667 0.8684279 X3 0.8026059 0.9174225 0.6936830 1.0000000 -0.1397640 0.9231886 X4 -0.3845773 -0.2502265 -0.5279667 -0.1397640 1.0000000 -0.2263517 <NA> 0.9540910 0.9989563 0.8684279 0.9231886 -0.2263517
时间: 2024-02-10 15:14:07 浏览: 92
这是一个相关矩阵的输出结果,其中展示了一个数据集ex中各个变量之间的相关系数。每个变量都在矩阵的行和列中都有一个对应的位置,对角线上的数值表示自身与自身的相关系数,其余位置上的数值表示两个变量之间的相关系数。
在这个输出结果中,变量Y与X1、X2、X3和<NA>之间的相关系数分别是1.0000000、0.9629245、0.9726072、0.8026059和0.9540910。变量X1与Y、X2、X3和<NA>之间的相关系数分别是0.9629245、1.0000000、0.8837283、0.9174225和0.9989563,其余变量与其他变量之间的相关系数也可以类似地解读。
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y <- as.numeric(exprSet2[,"ENSG00000049541"]) colnames <- colnames(exprSet2) cor_data_df <- data.frame(colnames) for (i in 1:length(colnames)){ test <- cor.test(as.numeric(exprSet2[,i]),y,type="spearman") cor_data_df[i,2] <- test$estimate cor_data_df[i,3] <- test$p.value cor_data_df[i,4] <- gene } names(cor_data_df) <- c("symbol","correlation","pvalue")这段代码什么意思
这段代码的主要作用是计算一个基因(ENSG00000049541)与数据集中所有其他基因的相关性。具体来说,它会将数据集中的每个基因与目标基因进行Spearman相关性分析,并将结果存储在一个数据框中。其中,第一列是数据集中其他基因的符号,第二列是相关性系数,第三列是p值,第四列是目标基因的符号。这个过程会对数据集中的每个基因重复进行,最终生成一个包含所有相关性分析结果的数据框。
library(xlsx) setwd("D:/R") # 读取数据 data1 <- read.xlsx("试验.xlsx",sheetName = "man") data2 <- read.xlsx("试验.xlsx",sheetName = "weman") data3 <- read.xlsx("试验.xlsx",sheetName = "all") B <- data1$男孩 F <- data3$父亲 G <- data2$女孩 M <- data3$母亲 # t检验 t1=(mean(B)-mean(F))/(sd(B)/sqrt(length(B))) t1 p1 <- pt(t1,length(B)-1) p1 if (p1>0.05){ print("男生高于父亲") } else{ print("男生不高于父亲") } #检验结果为t=-5.123508,显著性P值=1.488898e-06>0.05,接受原假设,认为男生不高于父亲 t2=(mean(G)-mean(M))/(sd(G)/sqrt(length(G))) t2 p2 <- pt(t2,length(G)-1) p2 if (p2>0.05){ print("女生高于母亲") } else{ print("女生不高于母亲") } #检验结果为t=3.994843,显著性P值=0.9999377>0.05,接受原假设,认为女生高于母亲 # 计算结果 results <- list() # 中亲 - 子女 x <- data3$学生 y <- data3$中亲 lm.model <- lm(x ~ y, data = data3) model_summary <- summary(lm.model) model_coeffs <- coef(lm.model) standard_error <- model_summary$sigma CI <- confint(lm.model) cor_coef <- cor(x, y) p_value <- model_summary$coefficients[2,4] results[["中亲-子女"]] <- data.frame(coefficients = model_coeffs, std_error = standard_error, conf_int = CI, cor_coef = cor_coef, p_value = p_value) 方法分析
这段代码是一个用于统计学分析的R语言代码。主要包括以下几个方面的内容:
1. 读取数据:使用xlsx包中的read.xlsx函数读取名为“试验.xlsx”的Excel文件中的三个表格数据。
2. t检验:计算男孩身高和父亲身高的t检验值和P值,以及女孩身高和母亲身高的t检验值和P值,并根据P值判断身高是否有显著差异。
3. 线性回归:使用lm函数对数据进行线性回归分析,计算中亲与子女的相关系数、回归系数、标准误差、置信区间和P值,并将结果存储在名为results的列表中。
这些方法可以用于探索数据之间的关系和差异,帮助做出决策和推断。
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