结果如何作图

在对LME模型进行可视化时，通常需要绘制模型的拟合效果图、残差图等。

以下是使用R语言绘制LME模型的拟合效果图和残差图的代码示例：

# 载入nlme包
library(nlme)

# 创建LME模型
m13 <- lme(log(ratio) ~ season*scale(treerichness)*scale(treeFD), random = ~1|site/Plot, data = env)

# 绘制拟合效果图
plot(fitted(m13), residuals(m13), pch=20, col="gray", xlab="Fitted Values", ylab="Residuals")
abline(h=0, lty=2)
lines(lowess(fitted(m13), residuals(m13)), col="red")

# 绘制残差图
plot(fitted(m13), sqrt(abs(residuals(m13))), pch=20, col="gray", xlab="Fitted Values", ylab="Sqrt(|Residuals|)")
lines(lowess(fitted(m13), sqrt(abs(residuals(m13)))), col="red")

其中，fitted函数用于计算模型的拟合值，residuals函数用于计算模型的残差。第一个plot函数绘制了模型的拟合效果图，其中x轴为拟合值，y轴为残差。abline函数绘制了水平虚线表示残差为0，lines函数绘制了红色的平滑曲线表示残差的变化趋势。第二个plot函数绘制了残差图，其中y轴为残差的绝对值的平方根，其他细节和第一个图类似。

这些图形可以用来评估模型的拟合效果，以及检查模型的假设是否满足。