sc.pl.spatial(adata_anterior_subset)为什么会出现这样的错误AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'pl'
时间: 2023-11-07 12:32:32 浏览: 173
这个错误的原因是因为numpy.ndarray数组没有pl属性。在代码中使用了类似于sc.pl.spatial(adata_anterior_subset)这样的函数,但是变量adata_anterior_subset是一个numpy数组而不是scanpy的AnnData对象。因此,需要将数据转换成AnnData对象才能使用scanpy中的对应函数。可以使用scanpy的函数如下:adata = sc.AnnData(X=adata_anterior_subset)。这个函数将数据转换成AnnData对象,然后就可以使用对应的函数了。
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sc.pl.spatial(adata_anterior_subset)为什么会出现这样的错误AttributeError: 'AnnData' object has no attribute 'type'
根据您提供的信息,sc.pl.spatial(adata_anterior_subset)这一行代码出现了错误信息"AttributeError: 'AnnData' object has no attribute 'type'",这个错误是由于在AnnData对象中没有"type"属性所导致的。具体来说,这个错误可能是由于使用的版本不正确或者安装包没有正确安装所引起的。为了解决这个问题,您可以尝试更新或安装必要的包,或者检查代码中使用的数据类型是否正确。
AttributeError: 'scipy.spatial.transform._rotation.Rotation' object has no attribute 'as_dcm'
这个错误是由于scipy版本更新导致的。在旧版本中,可以使用as_dcm()方法将旋转矩阵转换为方向余弦矩阵,但在新版本中,该方法已被弃用。解决方法是将as_dcm()替换为as_matrix(),这将返回一个旋转矩阵而不是方向余弦矩阵。具体来说,您可以将以下代码:
rot_matrix = torch.from_numpy(R.from_euler('y', 180.0, degrees=True).as_dcm()).float().to(self.device)
替换为:
rot_matrix = torch.from_numpy(R.from_euler('y', 180.0, degrees=True).as_matrix()).float().to(self.device)
这样就可以解决这个错误了。
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