rstudio用heatmap.2作图，pdf只保存显示在plots图层上的图像怎么解决

如果您在使用`heatmap.2`函数绘制热图时，保存为PDF文件时只能保存显示在plots图层上的图像，您可以尝试使用`ggsave`函数将热图保存为PDF文件。

`ggsave`函数可以将ggplot2绘图对象保存为PDF文件，并且可以指定输出文件的尺寸和分辨率，以便获得高质量的输出。您可以在绘制热图时使用ggplot2语法，并将其转换为ggplot2对象，然后使用`ggsave`函数将其保存为PDF文件。

以下是一个示例代码，演示如何使用`ggplot2`和`ggsave`绘制并保存热图：

library(ggplot2)
library(gplots)

# 生成一个10x10的随机矩阵
mat <- matrix(rnorm(100), nrow = 10)

# 绘制热图并转换为ggplot2对象
hm <- heatmap.2(mat, trace = "none", col = heat.colors(256), dendrogram = "none", scale = "none", key = FALSE, density.info = "none")
hm_ggplot <- ggplot_build(hm)$plot

# 将热图保存为PDF文件
ggsave("heatmap.pdf", plot = hm_ggplot, width = 8, height = 8, dpi = 300)

在这个示例中，我们首先使用`heatmap.2`函数绘制热图，然后使用`ggplot_build`函数将其转换为ggplot2对象。最后，我们使用`ggsave`函数将热图保存为PDF文件，并指定输出文件的尺寸和分辨率。保存后的PDF文件将包含完整的热图，并且可以在任何设备上查看。