FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'vina': 'vina'

这个错误通常表示系统无法找到AutoDock Vina的可执行文件。请确保你已经正确安装了AutoDock Vina，并将其可执行文件（`vina`）添加到系统的环境变量中。

如果你已经安装了AutoDock Vina，但仍然遇到这个错误，请尝试指定完整的可执行文件路径，例如：

command = ['/path/to/vina', '--config', 'config.txt', '--ligand', input_file, '--out', output_file]

其中`/path/to/vina`是AutoDock Vina可执行文件的实际路径。

如果你不确定AutoDock Vina的实际安装路径，可以使用`which`命令来查找它。在终端中运行以下命令：

which vina

它会返回`vina`可执行文件的完整路径。将该路径用于上述代码中的`command`变量。

如果问题仍然存在，请确认你是否正确安装了AutoDock Vina并且将其添加到环境变量中。如果仍然无法解决问题，请提供更多关于你的系统和安装过程的信息，以便我们更好地帮助你解决问题。