> df.net <- subsetCommunication(cellchat, signaling = c("WNT", "TGFb"))# WNT及TGFb相关网络 Error in subsetCommunication_internal(net, LR, cells.level, slot.name = slot.name, : No significant signaling interactions are inferred based on the input! 什么意思
时间: 2024-04-17 07:23:00 浏览: 285
这个错误是因为在使用`subsetCommunication`函数时,没有在输入的网络中找到与"WNT"和"TGFb"相关的显著信号交互。这个函数的作用是根据指定的信号分子来筛选网络中的通信关系。
可能的原因是输入的`cellchat`网络中没有包含与"WNT"和"TGFb"相关的显著信号交互。你可以先检查一下输入的网络数据是否包含了这些信号交互,或者尝试使用其他方法来确认是否存在这些交互关系。
另外,你还可以查看函数的文档或寻求更多帮助来了解如何正确使用`subsetCommunication`函数。
相关问题
> netVisual_aggregate(cellchat, signaling = pathways.show[1], layout = "chord") Error: not enough space for cells at track index '1'.
这个错误通常是因为在给定的布局中没有足够的空间来放置所有细胞。你可以尝试调整布局或增加可用空间来解决这个问题。你可以尝试使用不同的布局选项,或者调整细胞和信号通路之间的距离来获得更好的可视化效果。如果问题仍然存在,你可以尝试减少要显示的细胞数量,或者增加可视化的尺寸。希望这些建议对你有帮助!如果你有任何其他问题,请随时提问。
cellchat <- netAnalysis_computeCentrality(cellchat, slot.name = "netP") # the slot 'netP' means the inferred intercellular communication network of signaling pathways Error in if (nrow(adjmatrix) != ncol(adjmatrix)) { : argument is of length zero >
这个错误是因为在计算网络中心性时,输入的adjacency matrix(邻接矩阵)的行数和列数不一致。请检查一下你的adjacency matrix是否正确,并确保它是一个方阵(行数和列数相等)。另外,还需要确认你的输入参数是否正确,特别是"slot.name"参数是否指定了正确的值。如果问题仍然存在,请提供更多的代码和数据信息,以便我能够帮助你进一步解决问题。
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