ubuntu使用cd-hit
时间: 2024-02-13 18:02:24 浏览: 30
cd-hit 是一个用于聚类大规模生物序列的软件。以下是使用 cd-hit 进行聚类的基本步骤:
1. 准备输入序列文件:cd-hit 支持多种序列格式,例如 FASTA、FASTQ、GenBank。你需要准备一个包含待聚类序列的输入文件。
2. 运行 cd-hit:使用以下命令运行 cd-hit:
```
cd-hit -i input.fasta -o output.fasta -c 0.9 -n 5
```
其中,`input.fasta` 是输入文件名,`output.fasta` 是输出文件名,`0.9` 是聚类阈值,`5` 是 Word 长度。你可以根据需要调整这些参数。
3. 解析输出文件:cd-hit 输出的聚类结果是一个包含多个序列的 FASTA 文件,每个聚类的代表序列在文件中只出现一次,其它序列则作为该聚类的成员。你可以使用一些工具(例如 cd-hit 自带的 `cd-hit-est-2d`)来解析这个输出文件,提取聚类代表序列和成员序列。
这些是使用 cd-hit 进行聚类的大致步骤。如果你遇到了问题,可以告诉我具体的错误信息,我可以帮助你解决。
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