怎么利用python实现批量查找该csv文件中的分子中有没有特定的子结构,请写出代码
时间: 2024-05-07 15:16:33 浏览: 94
python 对多个csv文件分别进行处理的方法
以下是利用Python实现批量查找CSV文件中的分子中是否包含特定子结构的代码:
```python
import pandas as pd
from rdkit import Chem
# 定义要查找的特定子结构
substructure_smiles = 'c1ccccc1'
# 读取CSV文件
df = pd.read_csv('file.csv')
# 批量查找分子中是否包含特定子结构
for mol in df['mol_column_name']:
mol = Chem.MolFromSmiles(mol)
substructure = Chem.MolFromSmiles(substructure_smiles)
if mol.HasSubstructMatch(substructure):
print('该分子包含特定子结构')
else:
print('该分子不包含特定子结构')
```
请注意,上述代码中的`mol_column_name`应替换为CSV文件中包含分子结构的列的名称。此外,需要安装RDKit和Pandas库才能运行此代码。
阅读全文