csr.summarise用什么代替
时间: 2023-11-30 15:03:42 浏览: 132
skan的最新版本(v0.8.3)已经弃用了`csr.summarise`函数,取而代之的是`skan.TreeMetrics`类。你可以按照以下方式来计算根系的总长度:
```python
from skan import TreeMetrics
skeleton_graph, coordinates, degrees = csr.skeleton_to_csgraph(skeleton)
branch_data = TreeMetrics(skeleton_graph, spatial_calibrations=0.3).raw_data
total_length = branch_data['branch-distance'].sum()
```
在这个例子中,我们使用了`TreeMetrics`类来计算分支的长度,其中`skeleton_graph`是通过骨架化生成的,`spatial_calibrations`是根据图像分辨率设置的空间标定因子。`raw_data`属性返回一个pandas DataFrame,其中包含了一些有关分支的信息,包括分支的长度、父分支和子分支的ID等。因此,我们可以使用`branch-distance`列来获取分支的长度,最后对所有分支长度进行求和从而计算出根系的总长度。
如果你想要使用旧版本的skan库,可以使用`csr.summarize`函数来计算根系的总长度,如前面所述。
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在Android环境中,通常使用Java语言编写这样的任务,可以利用`File`类的操作来完成。这里是一个简单的示例代码片段:
```java
import java.io.File;
import java.io.IOException;
public class FileHandler {
private static final String FILE_PATH = "/mnt/vendor/factory/rkp_csr.txt";
public static void main(String[] args) {
// 判断文件是否存在
File file = new File(FILE_PATH);
if (!file.exists()) {
// 文件不存在,则尝试创建
try {
boolean created = file.createNewFile();
if (created) {
System.out.println("File created at " + FILE_PATH);
} else {
System.err.println("Failed to create file: " + FILE_PATH);
}
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
}
// 清空并写入字符串
try (BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter(file))) {
writer.write("New content for rkp_csr.txt");
System.out.println("Content written successfully.");
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
}
}
```
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