aused by: org.gradle.api.internal.plugins.PluginApplicationException: Failed to apply plugin 'com.android.internal.application'.

根据您提供的引用内容和，您遇到的问题是"Caused by: org.gradle.api.internal.plugins.PluginApplicationException: Failed to apply plugin 'com.android.internal.application'." 这个错误是由于应用'com.android.internal.application'插件失败引起的。

解决这个问题的方法是在gradle.properties文件中添加一行代码"android.overridePathCheck=true"。这将允许Gradle在应用插件时跳过路径检查。请注意，在gradle.properties文件中的其他行之后添加此行。

另外，您提到的是关于.gradle\caches\modules-2\files-2.1\com.android.tools.build\gradle目录下的缓存文件。这个目录下包含了pom、jar和source文件。这些文件是Gradle构建过程中下载和缓存的依赖项文件。

因此，您可以通过在gradle.properties文件中添加"android.overridePathCheck=true"来解决"Caused by: org.gradle.api.internal.plugins.PluginApplicationException: Failed to apply plugin 'com.android.internal.application'."的问题。同时，请确保.gradle\caches\modules-2\files-2.1\com.android.tools.build\gradle目录下的缓存文件是完整并正确的。