anotation<-function(node.list,genes,disease){ genes=genes[genes[,"disease"]%in%disease,] for (i in 1:nrow(node.list)){ if(node.list[i,"ENSG"]%in%genes[,"gene"]){ node.list[i,"padj"]=max(as.numeric(genes[genes[,"gene"]%in%node.list[i,"ENSG"],"padj"])) }else{ node.list[i,"padj"]=0 }} return(node.list) }
时间: 2024-04-10 16:31:16 浏览: 55
这段代码定义了一个名为 `anotation` 的函数,它接受三个参数 `node.list`、`genes` 和 `disease`。以下是对该函数的解释:
1. 首先,代码中的 `genes=genes[genes[,"disease"]%in%disease,]` 用于筛选出 `genes` 数据框中 "disease" 列的值与给定的 `disease` 向量中的值匹配的行。这将更新 `genes` 数据框,只保留与指定疾病相关的行。
2. 然后,代码使用 `for` 循环来遍历 `node.list` 数据框中的每一行。在循环中,使用条件语句 `if` 来判断 `node.list` 中的 "ENSG" 列的值是否存在于 `genes` 数据框中的 "gene" 列。
3. 如果 "ENSG" 值存在于 `genes` 数据框中的 "gene" 列,则执行以下代码块:
- 使用 `genes[genes[,"gene"] %in% node.list[i,"ENSG"],"padj"]` 从 `genes` 数据框中选择 "gene" 列值等于当前 "ENSG" 值的行,并提取这些行中 "padj" 列的最大值。
- 将最大值通过 `as.numeric()` 函数转换为数值类型,并赋值给 `node.list` 数据框中当前行的 "padj" 列。
4. 如果 "ENSG" 值不存在于 `genes` 数据框中的 "gene" 列,则将 `node.list` 数据框中当前行的 "padj" 列设置为 0。
5. 最后,函数返回更新后的 `node.list` 数据框。
这个函数似乎用于根据与指定疾病相关的基因信息,更新节点列表中的 "padj" 值。函数内部使用了条件判断、循环和数据框操作,但对于其他未显示的函数或数据结构,我们无法了解其具体实现细节。如果你需要更具体的帮助,请提供更多相关代码或详细说明。
阅读全文