all_signals, fields = wfdb.rdsamp(os.path.join(data_path, record)) annotations = wfdb.rdann(os.path.join(data_path, record), 'atr')解释一下
时间: 2023-09-26 20:09:27 浏览: 169
这段代码是使用 WFDB 库对心电信号数据进行读取和解析的过程。
`wfdb.rdsamp()` 函数用于读取心电信号数据,其中 `os.path.join(data_path, record)` 是心电信号数据的路径和文件名。该函数返回两个值,`all_signals` 是一个二维数组,包含了所有导联的信号数据,`fields` 是一个字典,包含了数据的相关信息,如采样率、导联名称等。
`wfdb.rdann()` 函数用于读取相应的注释文件,其中 `os.path.join(data_path, record)` 是心电信号数据的路径和文件名, `'atr'` 表示使用标准的 MIT-BIH 格式的注释文件。该函数返回一个 `Annotation` 对象,包含了注释的相关信息,如每个心拍的类型和位置等。
相关问题
import wfdb import numpy as np import os import cv2 from PIL import Image import matplotlib.pyplot as plt # 设置数据集路径 data_path = 'mit-bih-arrhythmia-database-1.0.0/' # 设置输出路径 output_path = 'ImageMITBIH/' N_beats_pos = [] A_beats_pos = [] V_beats_pos = [] F_beats_pos = [] L_beats_pos = [] R_beats_pos = [] qita_beats_pos = [] # 读取数据集中所有记录的文件名 records = wfdb.get_record_list('mitdb') print('file list =', records) # 循环遍历每个记录文件 for record in records: print('\n') print('Processing record:', record) # 读取记录文件中的信号和标注信息 all_signals, fields = wfdb.rdsamp(os.path.join(data_path, record)) signals = [x[0] for x in all_signals] annotations = wfdb.rdann(os.path.join(data_path, record), 'atr') print('signals =', signals) print('signals_amount =', len(signals)) print('fields =', fields) print('annotations =', annotations) # 获取每个心拍的位置和类别 beats_pos = annotations.sample beats_labels = annotations.symbol print('beats_pos =', beats_pos) print('pos_amount =', len(beats_pos)) print('beats_labels =', beats_labels) print('labels_amount =', len(beats_labels)) print('labels_forms =', list(set(beats_labels))) for i in range(len(beats_labels)): if beats_labels[i] == 'N': # 正常心拍 N_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'A': # 房性早搏 A_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'V': # 室性早搏 V_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'F': # 室性融合波 F_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'L': # 左束传导受阻 L_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'R': # 右束传导受阻 R_beats_pos.append(beats_pos[i]) else: # 其他异常心拍或无效信号 qita_beats_pos.append(beats_pos[i])逐句翻译一下
这是一个 Python 代码,用于处理心电图数据集。代码分为三个部分:
第一部分,设置数据集路径和输出路径,导入所需的库。
第二部分,循环遍历每个记录文件,读取信号和标注信息,获取每个心拍的位置和类别,并将其分别存储在对应的列表中。
第三部分,将不同类别的心拍位置存储在不同的列表中,最后保存到输出路径下。
具体解释如下:
- 导入 wfdb、numpy、os、cv2 和 PIL 库,以及 matplotlib.pyplot 库中的 plt 模块。
- 设置数据集路径为 'mit-bih-arrhythmia-database-1.0.0/',输出路径为 'ImageMITBIH/'。
- 使用 wfdb 库中的 get_record_list() 函数获取数据集中所有记录的文件名列表。
- 循环遍历每个记录文件名,使用 wfdb 库中的 rdsamp() 函数读取信号和字段信息,使用 rdann() 函数读取标注信息。
- 获取每个心拍的位置和类别,分别存储在 beats_pos 和 beats_labels 列表中。
- 根据心拍类别将心拍位置存储在对应的列表中。
- 最后将不同类别的心拍位置列表保存到输出路径下的相应文件中。
# 遍历所有心拍,将它们剪切并保存到文件中 for i in range(len(beats_labels)): # 计算该心拍在信号中的起始和结束位置 start_pos = beats_pos[i] - window_size // 2 end_pos = beats_pos[i] + window_size // 2 # 如果起始或结束位置超出信号范围,则跳过该心拍 if start_pos < 0 or end_pos >= len(signals): continue # 从信号中剪切该心拍并保存到文件 beat = signals[start_pos:end_pos] label = labels_map.get(beats_labels[i], 13) # 如果标签不在映射关系中,则将其归为“无法确定”的类型 beat_path = os.path.join(output_path, str(label)) if not os.path.exists(beat_path): os.makedirs(beat_path) beat_filename = os.path.join(beat_path, '{}_{}.jpg'.format(record, i)) cv2.imwrite(beat_filename, beat) # 将该心拍的标签关系转化为256*256的图像并保存到文件 matrix = beats_matrix[i] matrix = cv2.resize(matrix, (256, 256), interpolation=cv2.INTER_NEAREST) matrix_path = os.path.join(output_path, 'matrix') if not os.path.exists(matrix_path): os.makedirs(matrix_path) matrix_filename = os.path.join(matrix_path, '{}_{}.jpg'.format(record, i)) cv2.imwrite(matrix_filename, matrix)为什么保存的图像是黑的
这段代码中保存的图像是根据信号中的心拍来剪切并保存的,而且保存的是灰度图像。如果保存的图像是黑色的,可能有以下几个原因:
1. 信号中的心拍本身就是没有明显波形的,或者信号的质量不好,导致信号剪切后的图像是黑色的。
2. 保存的图像格式不正确,比如保存成了PNG格式,但没有进行灰度转换,导致图像看起来是黑色的。
3. 保存的图像像素值范围不正确,比如信号剪切后的图像像素值范围是[-1,1],但保存的图像像素值范围是[0,255],导致图像看起来是黑色的。
您可以检查一下信号质量和保存图像的格式和像素值范围是否正确。
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