GEO原始数据 下载

要下载GEO原始数据，你可以使用R语言中的GEOquery包。首先，你需要安装并加载GEOquery包。然后，你可以使用getGEOSuppFiles函数来下载原始数据文件。例如，如果你要下载GSE42872的数据，你可以使用以下代码：

library(GEOquery)
getGEOSuppFiles("GSE42872", baseDir = "geo", makeDirectory = TRUE)

这将会将GSE42872的原始数据文件下载到名为"geo"的文件夹中。如果你只想获取下载链接而不实际下载文件，你可以将fetch_files参数设置为FALSE，如下所示：

supp_url <- getGEOSuppFiles("GSE42872", fetch_files = FALSE, makeDirectory = FALSE)
url <- as.character(supp_url$url)

类似地，你也可以使用getGEOSuppFiles函数来下载GPL数据文件。例如，如果你要下载GPL6480的数据，你可以使用以下代码：

supp_url2 <- getGEOSuppFiles("GPL6480", fetch_files = FALSE)
url2 <- as.character(supp_url2$url)

这将会获取GPL6480的下载链接。如果你想下载GPL注释表格，你可以使用getGEO函数，并指定destdir参数来指定下载目录。例如，要下载GPL6480的注释表格，你可以使用以下代码：

GPL6480 <- getGEO("GPL6480", destdir = "geo", AnnotGPL = TRUE)
GPL6480_table <- Table(GPL6480)

这将会下载并保存GPL6480的注释表格。

希望这些信息对你有帮助！