STAR索引下载mm9

STAR（Spliced Transcripts Alignment to a Reference）是一种用于基因表达分析的软件工具，它主要用于转录组比对和拼接。MM9是Mouse Genome Sequencing Consortium（小鼠基因组测序联盟）制定的小鼠基因组九版注释，这是一个特定版本的参考基因组。

如果你想要下载STAR索引以支持mm9作为参考基因组，首先需要从ENSEMBL、UCSC Genome Browser或其他官方资源获取mm9的染色体序列。STAR索引是预先计算好的与参考基因组相匹配的文件集合，包括chromosome-level的SA（Suffix Array）、BWT（Burrows-Wheeler Transform）和Bowtie-like index等，以便于高效的读取和比对。

以下是创建STAR mm9索引的一般步骤：

1. **下载mm9序列**：访问ENSEMBL或UCSC下载mm9的Fasta文件，例如GRCm38.p6或相似版本。

2. **安装STAR**：确保已经安装了STAR软件，可以从官网下载最新版本并安装。

3. **生成索引**：运行STAR命令行工具，输入类似下面的命令（假设Fasta文件名为mm9.fa）：

   STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir star_index_mm9 --genomeFastaFiles mm9.fa --sjdbGTFfile your_annotation.gtf --sjdbOverhang 100

其中`your_annotation.gtf`是包含mm9基因结构信息的gtf文件。

4. **验证索引**：索引创建完成后，你可以通过STAR检查索引是否有效，比如运行 `STAR --runThreadN 4 --genomeLoad LoadAndKeep --readFilesIn test.fastq | head` 来查看部分比对结果。