错误于AnnotationDbi::mget(id, GOANCESTOR): 第二参数必需是环境
时间: 2024-10-22 10:17:13 浏览: 66
TCP-IP详解卷二:实现part2
错误提示"Error in AnnotationDbi::mget(id, GOANCESTOR): 第二参数必需是环境"通常出现在R语言中,当你尝试从AnnotationDbi包的`mget()`函数获取数据时,如果提供的GOANCESTOR参数不是一个有效的R环境(如"data.frame"或者其他预先创建的环境),函数就会抛出这个错误。`mget()`函数用于根据给定的关键字在环境中查找匹配的值。
为了修复这个问题,你需要确保第二个参数是一个R环境,比如一个已经存储了Go祖先信息的数据框(data.frame)或者是通过`new.env()`创建的一个新环境。如果你想要从某个数据库获取GO祖先数据并将其存入环境,你应该首先查询数据库然后将结果赋值给环境变量。例如:
```r
go_data <- annotation_db[["GOANCESTOR"]] # 查询数据库获取GO祖先数据
my_env <- new.env() # 创建一个新的环境
my_env$ancestors <- go_data # 将数据添加到环境中
# 现在你可以使用my_env$ancestors访问数据
try(mget(id, my_env))
```
记得检查一下你的`id`是否匹配,并确保你在正确的环境中操作。
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