REMD gromcas
时间: 2023-10-26 16:05:35 浏览: 52
Gromacs REMD(Replica Exchange Molecular Dynamics)是一种通过在多个温度副本中交换构象来提高模拟效率的方法。下面是使用Gromacs进行REMD的一般步骤:
1. 构建模型:首先,您需要使用EM(能量最小化)和cd(对称约束动力学)等步骤构建模型。
2. 设置温度:在step2.sh脚本中,您可以设置不同的温度。替换脚本中的第一行温度数据即可。
3. 准备模拟:在step2.sh脚本中,您需要准备模拟所需的文件夹和文件。这包括复制mdp文件、gro文件等,并将温度信息替换到mdp文件中。
4. 执行模拟:使用gmx_mpi grompp命令生成成品模拟tpr文件,并进行REMD模拟。按照副本数量循环运行模拟命令。
5. 整合结果:由于每个副本在模拟过程中进行了构象交换,所以模拟得到的轨迹文件不是连续的。您可以使用gromacs自带的脚本进行整合,并生成合并后的轨迹文件。
以上就是使用Gromacs进行REMD的一般步骤。具体的操作流程和命令可能会因实际情况而有所不同,请根据您的具体需求和实验设置进行适当的调整。
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