# 获取当前工作目录下的所有文件 > all_files <- list.files(pattern="*.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv") > 将文件合并和读取,R代码
时间: 2024-09-20 22:17:45 浏览: 60
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在R中,你可以使用`read.table()`或者`read_csv()`函数(来自`readr`包)来逐个读取并合并这些`.rna_seq.augmented_star_gene_counts.tsv`文件,假设所有的文件都按照相同的列结构存在。这里是一个示例:
```R
# 首先确保已经安装了所需的包,如果没有安装,可以运行
install.packages(c("tidyverse")) # 安装tidyverse套件,包含了readr
# 加载tidyverse包,其中包括readr
library(tidyverse)
# 创建一个空的data.frame来存放结果
all_data <- data.frame()
# 循环遍历所有文件,并读取每一项到all_data
for (file_name in all_files) {
# 使用read_csv()读取tsv文件,假设列分隔符是'\t'
current_data <- read_csv(file_name, col_types = "auto", skip_blank_lines = TRUE)
# 将当前文件的数据添加到all_data中,如果all_data为空则直接追加,否则使用rbind()
if (nrow(all_data) == 0) {
all_data <- current_data
} else {
all_data <- rbind(all_data, current_data)
}
}
# 检查合并后的数据是否有缺失值或者异常
summary(all_data)
```
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