请帮我写一段用iqtree对比两棵进化树拓扑结构差异的shell代码

当然可以帮您写一段用 iqtree 对比两棵进化树拓扑结构差异的 shell 代码。以下是示例代码：

#!/bin/bash

# 定义输入文件名
tree1="tree1.nwk"
tree2="tree2.nwk"

# 运行 iqtree 解析输入树文件
iqtree -s $tree1 -te $tree1.treefile
iqtree -s $tree2 -te $tree2.treefile

# 运行 iqtree 进行拓扑结构比较
iqtree -t $tree1.treefile -t $tree2.treefile -z $tree1.treefile.treefile

# 输出拓扑结构差异结果
echo "拓扑结构差异结果："
cat $tree1.treefile.treefile.contree

# 清理生成的临时文件
rm $tree1.treefile
rm $tree2.treefile
rm $tree1.treefile.treefile*

请确保您已经安装了 iqtree，并将 tree1.nwk 和 tree2.nwk 分别替换为您的两棵进化树文件的路径和文件名。运行以上代码将输出两棵树的拓扑结构差异结果。

注意：以上代码仅提供了基本的拓扑结构比较功能，实际应用中可能需要根据具体需求进行相应的参数调整和结果解析。