Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 6, in <module> AttributeError: 'TreeNode' object has no attribute 'compare_topology'

非常抱歉，上述代码中的`compare_topology()`函数在ETE Toolkit中并不存在，导致出现了`AttributeError`错误。为了解决这个问题，我们可以使用ETE Toolkit中的`compare()`函数来进行树形拓扑结构的比较。

下面是修改后的代码：

from ete3 import Tree
import os

species_tree_file = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_species_tree/species_tree.treefile"
gene_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/rotted_gene_tree"
compare_tree_folder = "/home/dengwei/NTF_data/compare_tree"

# 读取物种树
species_tree = Tree(species_tree_file)

# 获取基因树文件列表
gene_tree_files = os.listdir(gene_tree_folder)

# 遍历基因树文件
inconsistent_trees = 0
for gene_tree_file in gene_tree_files:
    gene_tree_path = os.path.join(gene_tree_folder, gene_tree_file)

    # 读取基因树
    gene_tree = Tree(gene_tree_path)

    # 比较树形拓扑结构
    if species_tree.compare(gene_tree, unrooted=True) != 0:
        inconsistent_trees += 1

        # 将不一致的基因树保存到compare_tree_folder
        compare_tree_path = os.path.join(compare_tree_folder, gene_tree_file)
        gene_tree.write(outfile=compare_tree_path, format=5)

print("共有{}棵基因树与物种树不一致。".format(inconsistent_trees))

在修改后的代码中，我们使用了ETE Toolkit中的`compare()`函数来比较物种树和基因树的树形拓扑结构，而不考虑支长。只有当树形结构不一致时，我们将基因树视为与物种树不一致。

希望这次的修改能够满足你的需求。如果还有其他问题，请随时提问！