Nwk系统发育树怎么转化为Nexus

Nwk（Newick）是一种用于表示生物分类学树或系统发育树的标准格式，它基于逗号分隔的形式，每个内部节点旁边有开括号和后代顺序，而叶节点通常没有括号。例如：`((A,B),C);` 表示A和B共同祖先，然后与C形成一个分支。

将Nwk格式的系统发育树转换为Nexus文件格式，Nexus是一种更通用的生物信息学文件格式，支持多种数据类型，包括序列、树等。以下是将Nwk转Nexus的基本步骤：

1. 打开文本编辑器，创建一个新的Nexus文件。
2. 文件头部添加注释，如`:BEGIN TAXA:`，表示接下来的内容包含物种名称。
3. 添加物种列表到`:END TAXA:`行前，按照Nwk树的顺序排列，例如`TAXLABELS A B C;`。
4. 在文件中部添加`:BEGIN TREES;`，表明后续是树结构。
5. 插入Nwk树内容，保持原样但需要删除开始和结束的括号，因为Nexus有自己的缩进规则，如：`A,B,C;`。
6. 结束树木部分并添加`:END TREES;`。
7. 可选地，如果需要其他附加信息，可以在`:BEGIN CHARACTERS`或`:BEGIN FORMAT`下添加。

例子如下：

:NEXUS
BEGIN TAXA;
TAXLABELS A B C;
END TAXA;

BEGIN TREES;
TREE root = ((A:B,C):D);
END TREES;