def repair_dna(self, dna_sequence, accessor, start_index, vt_check=None, max_consec = 4, max_error = 6): """ Repair the DNA sequence containing one (or more) errors. 默认有indel :return: repaired DNA sequence set and additional information. :rtype: list, at least have one item """ def recursive_repair(dna_sequence, location, start_index, consec, error): # recursion stop if consec > max_consec or error > max_error: return [] elif location == len(dna_sequence): return [(dna_sequence, consec, error)] # get variables results = [] nucleotides = "ACGT" used_indices, current_nucleotide = np.where(accessor[start_index] >= 0)[0], dna_sequence[location] used_nucleotides = [nucleotides[used_index] for used_index in used_indices] # match if current_nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(current_nucleotide)]), 0, error) # substitution for nucleotide in used_nucleotides: if nucleotide != current_nucleotide: results.extend(recursive_repair(dna_sequence, location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # insertion results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + dna_sequence[location + 1:], location, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) # deletion for nucleotide in used_nucleotides: results.extend(recursive_repair(dna_sequence[:location] + nucleotide + dna_sequence[location + 1:], location + 1, accessor[start_index][nucleotides.index(nucleotide)]), consec + 1, error + 1) return results

该函数是用于修复包含一个或多个错误的DNA序列的。它使用递归的方式进行修复。

函数的参数包括：
- self：该函数是一个类的方法，self表示类的实例对象。
- dna_sequence：待修复的DNA序列。
- accessor：用于访问DNA序列的索引。
- start_index：开始修复的索引位置。
- vt_check：用于检查变体的函数，默认为None。
- max_consec：最大连续错误数，默认为4。
- max_error：最大错误数，默认为6。

该函数的返回值是一个列表，至少包含一个元素。每个元素是一个三元组，包括修复后的DNA序列、连续错误数和错误数。

函数内部定义了一个名为recursive_repair的内部函数，用于递归修复DNA序列。递归停止的条件是连续错误数超过最大连续错误数或错误数超过最大错误数，此时返回一个空列表。当递归到达DNA序列的末尾时，返回当前修复后的DNA序列、连续错误数和错误数的元组。

在每个递归步骤中，函数首先获取相关变量。其中，nucleotides是碱基序列"ACGT"，used_indices是accessor[start_index]中非负索引的位置，current_nucleotide是当前位置的碱基。used_nucleotides是和当前位置匹配的碱基列表。

接下来，函数进行匹配操作。如果当前位置的碱基在used_nucleotides中，将递归调用recursive_repair函数修复下一个位置的DNA序列，并将结果添加到results列表中。

然后，函数进行替换操作。对于used_nucleotides中的每个碱基，如果不等于当前位置的碱基，将递归调用recursive_repair函数修复下一个位置的DNA序列，并将连续错误数和错误数分别加1，并将结果添加到results列表中。

接着，函数进行插入操作。将当前位置的碱基从DNA序列中删除，然后递归调用recursive_repair函数修复当前位置的DNA序列，并将连续错误数和错误数分别加1，并将结果添加到results列表中。

最后，函数进行删除操作。对于used_nucleotides中的每个碱基，将该碱基插入到当前位置之后的DNA序列中，然后递归调用recursive_repair函数修复下一个位置的DNA序列，并将连续错误数和错误数分别加1，并将结果添加到results列表中。

最后，函数返回结果列表。