SCE交叉熵损失函数
SCE交叉熵损失函数(Sparse Categorical Cross-Entropy Loss)是一种常用的损失函数,主要用于多分类任务中。它是对交叉熵损失函数的一种改进,适用于标签是稀疏的情况,即每个样本只有一个正确的类别。
SCE交叉熵损失函数的计算方式如下: L = -log(p[y])
其中,L表示损失值,p[y]表示模型预测的样本属于正确类别y的概率。
SCE交叉熵损失函数的优点是可以有效地处理标签稀疏的情况,避免了对所有类别进行编码的问题。相比于普通的交叉熵损失函数,SCE交叉熵损失函数在计算上更加高效。
对称的交叉熵损失函数
对称的交叉熵(Symmetric Cross Entropy, SCE)是一种用于衡量两个概率分布之间差异的损失函数,它在某些场景下比标准的交叉熵损失更有效。标准交叉熵通常用于分类任务,其中模型预测的概率与真实标签是一一对应的。然而,在某些情况下,如多标签分类或多类别不平衡问题,对称交叉熵可以提供更好的性能。
对称交叉熵定义为两个概率分布 ( p ) 和 ( q ) 之间的KL散度的平均值,计算公式如下[^4]:
[ \text{SCE}(p, q) = -\frac{1}{2} D_{KL}(p || q) - \frac{1}{2} D_{KL}(q || p) ]
这里,( D_{KL}(p || q) ) 表示Kullback-Leibler散度,衡量的是从分布 ( q ) 到分布 ( p ) 的信息增益。对称性使得模型不仅要尽可能地接近正样本的分布 ( p ),也要尽可能远离负样本的分布 ( q ),从而避免过拟合高频率类别的样本。
下面是一个简单的Python实现来计算对称交叉熵[^5]:
import torch
from torch.nn import functional as F
def symmetric_cross_entropy(p, q):
return 0.5 * (F.kl_div(torch.log(p), q, reduction='batchmean') + F.kl_div(torch.log(q), p, reduction='batchmean'))
# 示例用法
softmax_output = torch.softmax(torch.randn(100, 5), dim=1)
one_hot_labels = torch.eye(5)[torch.randint(0, 5, (100,))]
sce_loss = symmetric_cross_entropy(softmax_output, one_hot_labels)
> Idents(harmonized_sce) <- harmonized_sce$Condition Error in Idents(harmonized_sce) <- harmonized_sce$Condition : 没有"Idents<-"这个函数
在Seurat v4中,Idents()
函数用于获取或改变对象的组标识(identities),通常对应于单细胞实验中的样品类别或聚类状态。如果你看到错误提示Error in Idents(harmonized_sce) <- harmonized_sce$Condition : 没有"Idents<-"这个函数
,说明Idents()
不是一个赋值操作的函数,它是只读的,不能直接通过=
操作符赋值。
当你尝试Idents(harmonized_sce) <- harmonized_sce$Condition
时,实际上是在试图将harmonized_sce$Condition
的值替换掉现有的标识,但这在Seurat中是不允许的。正确的做法是使用assign()
函数或者UpdateIdentitiies()
函数来进行这样的更新,比如:
```r
更新Idents,假设Condition列已经包含了新的组标识
assign("Ids", harmonized_sce$Condition, envir = environment(harmonized_sce))
或者使用Seurat提供的函数
harmonized_sce <- UpdateIdentitiies(object = harmonized_sce, new.ident = harmonized_sce$Condition)
记得检查一下harmonized_sce$Condition
是否匹配你想要的新的组标识类型,通常是因子形式。
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