stat_boxplot

`stat_boxplot` 是一种用于创建箱线图（Boxplot）的统计图形元素，在R语言的ggplot2包中很常见。箱线图是一种常用的数据可视化工具，它通过展示数据的分布情况，包括四分位数、中位数、最小值和最大值等关键数值，帮助用户快速理解数据集的集中趋势、分散程度以及异常值的存在。在ggplot2中，`stat_boxplot()` 函数通常与 `geom_boxplot()` 结合使用，后者负责绘制实际的图形。

例如，你可以这样做：

library(ggplot2)
data(mtcars)  # 使用mtcars数据集
ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), y = mpg)) +
  geom_boxplot() +
  labs(title = "Miles per gallon by number of cylinders",
       x = "Number of Cylinders",
       y = "Miles Per Gallon")

这将创建一个箱线图，x轴表示汽缸数，y轴表示每加仑英里数（mpg），每个组别（由cyl列决定）的车辆MPG分布都会显示出来。

相关问题

p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene) > p_boxplot_exp_mt.gene = p_boxplot_exp_mt.gene + + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) + + xlab(NULL) + ylab("log2(CPM+1)") + + scale_color_manual(values = "black") + + stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) + + theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25), + axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18), + axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) + + geom_text(data = sample_exp_mt.gene, aes(x = sample, y = median_expression, + label = paste0("Median: ", round(median_expression, 2))), + vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black")+ + theme(panel.background = element_blank()) Error in p_boxplot_exp_mt.gene + geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, : non-numeric argument to binary operator

看起来您的代码中有一些问题，主要是在 `p_boxplot_exp_mt.gene = boxplot(sample_exp_mt.gene)` 这行代码中，您将 `boxplot` 的输出结果赋值给了 `p_boxplot_exp_mt.gene` 变量。但是，在后面的代码中，您却又将 `p_boxplot_exp_mt.gene` 作为一个 `ggplot` 对象进行操作，这就导致了一个类型不匹配的错误。

建议您将 `boxplot` 的输出结果转换为一个数据框，再使用 `ggplot` 进行绘图，如下所示：

# 将 boxplot 的输出结果转换为数据框
df_boxplot <- as.data.frame(p_boxplot_exp_mt.gene)

# 使用 ggplot 绘制箱线图
ggplot(df_boxplot, aes(x = "", y = sample_exp_mt.gene)) +
  geom_boxplot(color = "black", size = 0.25, outlier.shape = NA) +
  xlab(NULL) +
  ylab("log2(CPM+1)") +
  scale_color_manual(values = "black") +
  stat_summary(fun = max, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  stat_summary(fun = min, geom = "crossbar", color = "black", width = 0.1) +
  theme(axis.line = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.ticks = element_line(color = "black", size = 0.25),
        axis.text = element_text(color = "black", angle = 90, size = 18),
        axis.title = element_text(color = "black", size = 18)) +
  geom_text(data = df_boxplot, aes(x = 1, y = median, 
                                   label = paste0("Median: ", round(median, 2))), 
            vjust = -1, hjust = -0.5, size = 4, color = "black") +
  theme(panel.background = element_blank())

这样可以避免 `p_boxplot_exp_mt.gene` 类型不匹配的错误。

p_boxplot_exp_mt.gene Don't know how to automatically pick scale for object of type <function>. Defaulting to continuous. Error in `geom_boxplot()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `compute_aesthetics()`: ! Aesthetics are not valid data columns. ✖ The following aesthetics are invalid: ✖ `y = expression` ℹ Did you mistype the name of a data column or forget to add `after_stat()`? Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.

这个错误可能是由于以下原因之一引起的：

1. `p_boxplot_exp_mt.gene` 函数的返回值中可能存在问题，导致无法正确计算箱线图的美学属性。请检查函数的输出，确保它是一个正确的数据框，并且包含用于绘制箱线图的正确的列名。

2. `ggplot2` 无法自动为函数选择比例尺，因此需要手动指定比例尺。你可以使用 `scale_*()` 函数，例如 `scale_x_continuous()` 或 `scale_y_continuous()`，根据情况指定比例尺。

3. 错误消息中提到的 `aesthetics` 无效，可能是因为你使用了 `expression` 函数作为 `y` 美学属性的值。 `ggplot2` 不支持在 `aes()` 函数中使用 `expression` 函数，因为它不是一个有效的数据列。请确保将数据列的名称传递给 `y` 美学属性。

你可以使用 `rlang::last_trace()` 函数查看详细的错误信息和堆栈跟踪，以找出导致错误的确切原因。