python代码:导入基因型数据是离散型变量,使用独热编码方法(categories='auto’)进行数据类型转换,定义'columns‘属性。第一列分类标签为group,一共是5个分类,进行分类编码;除去group之外共有1750个特征;基于随机森林算法,通过One Vs Rest分类策略进行嵌入式embeded特征选择,甄选出候选特征,输出结果csv文件,使用学习曲线来评估模型的性能,调整参数。对特征选择后的特征进一步遴选,绘制学习曲线以表示随机森林分类模型使用不同特征数量时的十折交叉验证分类正确率。
时间: 2024-04-11 09:30:06 浏览: 257
python数据分析与可视化-15-获取和设置标签属性.ev4.rar-12-数据类型和约束.ev4.rar
您可以使用以下Python代码来完成您的任务:
```python
import pandas as pd
from sklearn.preprocessing import OneHotEncoder
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.model_selection import learning_curve, cross_val_score
# 导入基因型数据
data = pd.read_csv('genotype_data.csv')
# 将离散型变量进行独热编码转换
encoder = OneHotEncoder(categories='auto')
encoded_data = encoder.fit_transform(data.iloc[:, 1:]).toarray()
# 定义特征列
columns = ['group'] + list(data.columns[1:])
# 执行特征选择
X = encoded_data[:, 1:]
y = encoded_data[:, 0]
rf = RandomForestClassifier()
rf.fit(X, y)
# 获取特征重要性
feature_importances = rf.feature_importances_
# 选择候选特征
candidate_features = [columns[i+1] for i, importance in enumerate(feature_importances) if importance > threshold]
# 输出结果csv文件
candidate_features_df = pd.DataFrame(candidate_features, columns=['candidate_features'])
candidate_features_df.to_csv('candidate_features.csv', index=False)
# 使用学习曲线评估模型性能并调整参数
train_sizes, train_scores, test_scores = learning_curve(rf, X, y, cv=10)
# 绘制学习曲线
import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure()
plt.title("Learning Curve")
plt.xlabel("Training examples")
plt.ylabel("Score")
plt.grid()
plt.plot(train_sizes, np.mean(train_scores, axis=1), 'o-', color="r", label="Training score")
plt.plot(train_sizes, np.mean(test_scores, axis=1), 'o-', color="g", label="Cross-validation score")
plt.legend(loc="best")
plt.show()
# 进一步遴选特征并绘制学习曲线
final_features = candidate_features[:n]
X_final = encoded_data[:, [columns.index(feature) for feature in final_features]]
train_sizes, train_scores, test_scores = learning_curve(rf, X_final, y, cv=10)
# 绘制学习曲线
# ...
```
请注意,您需要将`genotype_data.csv`替换为您的基因型数据文件的路径,并根据需要调整其他参数,如`threshold`和`n`。
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