对裸子植物的基因组进行EDTA注释,请给出较为推荐的命令行及各个参数以及含义
时间: 2024-05-09 19:16:27 浏览: 216
对裸子植物的基因组进行EDTA注释,可以使用以下命令行及各个参数:
```
edta.py -genome genome.fasta -species plant -threads 4 -anno 1 -cds 1 -full 1 -loose 1 -overwrite 1
```
参数说明:
- `-genome genome.fasta`:指定输入的基因组FASTA文件路径。
- `-species plant`:指定物种类型为植物,可选值为`animal`(动物)或`plant`(植物)。
- `-threads 4`:指定使用的线程数为4。
- `-anno 1`:指定使用RepeatMasker进行注释。
- `-cds 1`:指定使用CDS模式进行注释。
- `-full 1`:指定使用全长重复序列进行注释。
- `-loose 1`:指定使用宽松模式进行注释。
- `-overwrite 1`:指定覆盖已存在的注释结果。
这些参数的含义可以参考EDTA的文档,根据具体需求进行设置。
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