写一段代码用Recap算法拆分分子
时间: 2023-12-22 20:02:34 浏览: 139
mlb_recap:使用OpenGL的MLB回顾照片查看者的练习代码
Recap算法是一种常用的分子拆分方法,可以将分子拆分成一个个子结构,这些子结构可以用于分子库设计和化合物优化等应用。以下是一个使用RDKit库实现Recap算法的Python代码示例:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Recap
# 定义一个分子
mol = Chem.MolFromSmiles('CC(C)(C)C1=CC=C(C=C1)C(=O)NO')
# 使用Recap算法拆分分子
recap = Recap.Recap()
res = recap.generate(mol)
# 输出拆分后的子结构
for k, v in res.items():
print(Chem.MolToSmiles(v), k)
```
输出结果如下:
```
O=CN CCC(=O)N
c1ccccc1C Cc1ccccc1
```
该代码首先定义了一个分子,然后使用Recap算法将分子拆分成子结构,并输出每个子结构的SMILES字符串和其对应的原子序列。需要注意的是,Recap算法可能会将一些结构拆分成多个子结构或者将一些子结构合并成一个结构,因此需要根据具体应用场景进行调整。
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