builder.directory

时间: 2023-10-31 08:33:08 浏览: 139
PY

builder.py

builder.directory是一个方法,用于设置Git仓库的工作目录。它通常与FileRepositoryBuilder类一起使用,用于构建Git仓库的实例。 在JGit中,可以通过以下代码示例来设置Git仓库的工作目录: ```java import org.eclipse.jgit.lib.Repository; import org.eclipse.jgit.storage.file.FileRepositoryBuilder; import java.io.File; import java.io.IOException; public class GitRepositoryBuilder { public static void main(String[] args) throws IOException { // 本地仓库路径 String localRepoPath = "/path/to/local/repo"; // 创建本地仓库实例 FileRepositoryBuilder builder = new FileRepositoryBuilder(); Repository repo = builder.setGitDir(new File(localRepoPath + "/.git")) .readEnvironment() .findGitDir() .setWorkTree(new File(localRepoPath)) .build(); // 关闭本地仓库实例 repo.close(); } } ``` 这个代码使用了FileRepositoryBuilder类来构建Git仓库的实例,并通过setWorkTree方法设置了Git仓库的工作目录。在这个例子中,工作目录设置为本地仓库路径。
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详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

nd for pyqt5== (env) [root@host-10-180-209-45 ~]# pip install pyqt5==5.15.0 -i https://pypi.douban.com/simple Looking in indexes: https://pypi.douban.com/simple Collecting pyqt5==5.15.0 Downloading https://pypi.doubanio.com/packages/8c/90/82c62bbbadcca98e8c6fa84f1a638de1ed1c89e85368241e9cc43fcbc320/PyQt5-5.15.0.tar.gz (3.3 MB) ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ 3.3/3.3 MB 2.5 MB/s eta 0:00:00 Installing build dependencies ... done Getting requirements to build wheel ... done Preparing metadata (pyproject.toml) ... error error: subprocess-exited-with-error × Preparing metadata (pyproject.toml) did not run successfully. │ exit code: 1 ╰─> [22 lines of output] Traceback (most recent call last): File "/root/python/env/lib/python3.8/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 353, in <module> main() File "/root/python/env/lib/python3.8/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 335, in main json_out['return_val'] = hook(**hook_input['kwargs']) File "/root/python/env/lib/python3.8/site-packages/pip/_vendor/pyproject_hooks/_in_process/_in_process.py", line 152, in prepare_metadata_for_build_wheel whl_basename = backend.build_wheel(metadata_directory, config_settings) File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib64/python3.8/site-packages/sipbuild/api.py", line 46, in build_wheel project = AbstractProject.bootstrap('wheel', File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib64/python3.8/site-packages/sipbuild/abstract_project.py", line 87, in bootstrap project.setup(pyproject, tool, tool_description) File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib64/python3.8/site-packages/sipbuild/project.py", line 586, in setup self.apply_user_defaults(tool) File "project.py", line 62, in apply_user_defaults super().apply_user_defaults(tool) File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib/python3.8/site-packages/pyqtbuild/project.py", line 70, in apply_user_defaults super().apply_user_defaults(tool) File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib64/python3.8/site-packages/sipbuild/project.py", line 237, in apply_user_defaults self.builder.apply_user_defaults(tool) File "/tmp/pip-build-env-uzsc1n8a/overlay/lib/python3.8/site-packages/pyqtbuild/builder.py", line 69, in apply_user_defaults raise PyProjectOptionException('qmake', sipbuild.pyproject.PyProjectOptionException [end of output] note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip. error: metadata-generation-failed × Encountered error while generating package metadata. ╰─> See above for output. note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.

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