ggtreeExtra
时间: 2023-10-11 19:06:33 浏览: 68
ggtreeExtra是一个在2018 MBE文章中提到的更好的实现版本,它是ggtree方法的一个扩展,拥有整个ggplot2社区的功能,并支持更多的树布局。它提供了一些函数,如geom_fruit和geom_fruit_list,用于将图形与树对齐并在树的外部面板上添加多个层。此外,ggtreeExtra还可以使用图形语法,允许用户更灵活地定制图形。
相关问题
package ‘ggtreeextra’ is not available (for r version 3.6.3)
package ‘ggtreeextra’ is not available (for r version 3.6.3) 是指在R版本3.6.3中无法使用‘ggtreeextra’包。可能的原因有以下几种:
1. 包未在R版本3.6.3的CRAN存储库中找到:CRAN是R语言的官方软件存储库,只有存储在CRAN中的软件包才能通过R内置的包管理器安装。如果‘ggtreeextra’包不在CRAN中,您将无法直接从CRAN安装它。
2. 软件包的名称拼写错误:请确保您正确输入了软件包的名称。在R中搜索或安装软件包时,名称大小写是敏感的。请再次确认您使用了正确的软件包名称。
3. 软件包不再被维护或已废弃:有时,软件包可能不再得到维护或更新,因此无法安装它们。如果‘ggtreeextra’已被废弃或停止维护,您将无法在最新版本的R中进行安装。
解决此问题的方法可能是:
1. 检查包的名称和拼写:确保您正确输入了包的名称,并使用正确的大小写。
2. 检查CRAN和其他存储库:查看其他可能的软件包存储库,例如Bioconductor或GitHub上的结果。有时,软件包可能在这些存储库中可用,但不在CRAN中。
3. 升级R版本:考虑升级到最新版本的R。新版本的R通常具有更多的功能和包,您可能能够在新版本中找到所需的‘ggtreeextra’包。
总之,如果您无法在R版本3.6.3中找到‘ggtreeextra’包,可能是由于包未在CRAN中找到、拼写错误、不再维护或需要升级R版本等原因。通过检查包名称、查看其他存储库或升级R版本,您可能能够解决这个问题。
r语言绘制环形进化树
r语言可以使用ggtree和ggtreeExtra包来绘制环形进化树。首先,你需要准备好树的数据和注释数据。然后,可以按照以下步骤进行绘图:
1. 绘制树的主体,可以选择特殊的布局(如equal_angle),并为树枝添加一些分类颜色信息。
2. 添加外圈注释1,即标签,将标签放置在每个类别分支附近,并为背景颜色使用分类信息。
3. 添加外圈注释2,即点和文字,手动选择一些节点,在树枝顶端添加灰色的点和黑色的文字。
下面是一个示例代码,演示如何使用ggtree和ggtreeExtra包绘制环形进化树:
```R
# 准备数据
tree_df <- read.tree("tree_file.txt") # 替换为你的树文件
phy_nodes <- c("A", "B", "C") # 替换为你选择的分支节点
label_node <- c("D", "E", "F") # 替换为你选择的节点
# 绘制树的主体
p <- ggtree(tree_df, aes(color = Form), layout = "equal_angle") +
geom_treescale(-5, 7, fontsize = 3, linesize = 0.5, width = 1) +
scale_color_manual(values = c("black", colors)) +
coord_flip() +
theme(legend.position = "none")
# 添加外圈注释1
p1 <- p +
geom_label_repel(data = subset(tree_df, node %in% phy_nodes),
mapping = aes(x = x, y = y, label = Form, fill = Form),
color = "black", alpha = 0.7) +
scale_fill_manual(values = colors)
# 添加外圈注释2
p2 <- p1 +
geom_point(data = subset(tree_df, node %in% label_node),
mapping = aes(x = x * 1.03, y = y * 1.03), color = "grey50") +
geom_text_repel(data = subset(tree_df, node %in% label_node),
mapping = aes(x = x * 1.05, y = y * 1.05, label = label),
color = "black")
# 显示绘制结果
print(p2)
```
希望这个例子能帮助到你!如果你还有其他问题,请随时提问。
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