linux安装trim_galore

Trim Galore! 是一个用于处理 Illumina 高通量测序数据的工具，主要用于去除 reads 的adapter序列以及质量控制。在Linux上安装Trim Galore!通常需要几个步骤：

1. **获取软件包**：首先，你需要访问Trim Galore!的GitHub仓库下载最新版本：https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore

2. **安装依赖**： Trim Galore!基于FastQC、Cutadapt等工具，所以你需要确保这些基础工具已经安装。例如，如果你使用的是bowtie2，还需要bowtie2和htslib。

   # 更新包列表
   sudo apt-get update
   # 安装依赖
   sudo apt-get install bowtie2 fastqc cutadapt

3. **下载并解压**：从终端进入你的工作目录，然后克隆Trim Galore!到该目录，并解压缩。

   git clone https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore.git
   cd TrimGalore

4. **编译**：Trim Galore!本身不需要编译，但是它会自动检测`cutadapt`的位置。如果你使用的是非标准路径，可以创建软链接或者告知Trim Galore!完整路径。

5. **配置环境变量**：将Trim Galore!添加到系统的PATH环境变量中，这样可以在任何位置运行`trim_galore.sh`命令。在.bashrc或者.zshrc文件中添加：

   export PATH=$PATH:$PWD

6. **测试安装**：现在你可以运行 `trim_galore --version` 来验证是否安装成功。