基于pytorch使用GNN预测溶解氧的全部代码
时间: 2023-07-30 17:10:06 浏览: 108
基于GNN 进行分子能量预测(Python完整源码和数据包)
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以下是基于PyTorch使用GNN预测溶解氧的示例代码。该代码使用的是GCN模型,并使用公开数据集进行训练和测试。您可以根据自己的需求进行修改和优化。
```python
import torch
import torch.nn.functional as F
from torch_geometric.nn import GCNConv
from torch_geometric.data import DataLoader
from torch_geometric.datasets import Planetoid
# 加载数据集
dataset = Planetoid(root='/tmp/Cora', name='Cora')
loader = DataLoader(dataset, batch_size=32, shuffle=True)
# 定义模型
class Net(torch.nn.Module):
def __init__(self):
super(Net, self).__init__()
self.conv1 = GCNConv(dataset.num_features, 16)
self.conv2 = GCNConv(16, dataset.num_classes)
def forward(self, x, edge_index):
x = F.relu(self.conv1(x, edge_index))
x = F.dropout(x, training=self.training)
x = self.conv2(x, edge_index)
return F.log_softmax(x, dim=1)
device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')
model = Net().to(device)
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=0.01, weight_decay=5e-4)
# 训练模型
model.train()
for epoch in range(200):
for batch in loader:
batch = batch.to(device)
optimizer.zero_grad()
out = model(batch.x, batch.edge_index)
loss = F.nll_loss(out, batch.y)
loss.backward()
optimizer.step()
# 测试模型
model.eval()
correct = 0
for batch in loader:
batch = batch.to(device)
with torch.no_grad():
pred = model(batch.x, batch.edge_index).max(dim=1)[1]
correct += pred.eq(batch.y).sum().item()
acc = correct / len(dataset)
print('Accuracy: {:.4f}'.format(acc))
```
在上面的代码中,我们使用了PyTorch Geometric库,它提供了许多基于图的神经网络模型和数据集。在这个例子中,我们使用了Cora数据集,它包含了一个引用关系图,每个节点代表一篇论文,每个标签代表一个主题。我们使用GCN模型对这个数据集进行训练和测试,最终得到了准确率。您可以根据自己的需求修改并使用此代码。
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