RNAseqfastq数据处理
时间: 2024-08-14 20:10:07 浏览: 34
RNA-seq (转录组测序) 的FastQ 数据处理通常包括以下几个步骤:
1. **质量控制**(QC):首先对原始的FASTQ文件进行质量检查,确认序列的质量分数(Phred Score)是否达标。可以使用工具如Trimmomatic、FastQC等去除低质量的头部和尾部,以及过滤掉adapter序列。
2. ** adapters removal**:如果序列中含有接头序列(adapters),需要将其移除,因为它们不是来自基因组的真实信息。
3. **对齐**(Alignment):将高质量的 reads 对齐到参考基因组上,常用软件有 HISAT2、STAR、BWA等,生成 BAM 或 SAM 文件。
4. **剪切和拼接**(Trimming and Joining): 如果测序平台产生了过度覆盖或重复的reads,这一步会修剪并合并重复的片段。
5. **转录本组装**(Transcriptome Assembly):对于单细胞RNA-seq或者结构基因组分析,可能还需要进行转录本组装,生成transcripts或isoforms。
6. **计数和定量**(Counting and Quantification):通过工具如HTSeq, featureCounts或Cufflinks,统计每个基因或exon的读数,得到转录本表达水平的数据。
7. **质量控制和过滤**(Quality Control and Filtering):最后再次检查数据的分布,排除潜在的偏差或错误。