Stairwayplot2的具体教程

StairwayPlot2是一个用于绘制遗传学进化树的R包，它提供了生成美观的进化阶梯图的功能。以下是使用StairwayPlot2的一些基本步骤的教程：

1. **安装和加载库**：
首先确保已经安装了`tidyverse`（包含ggplot2等基础包）和`StairwayPlot2`。如果还未安装，可以运行：

   install.packages("tidyverse")
   install.packages("StairwayPlot2")
   library(tidyverse)
   library(StairwayPlot2)

2. **准备数据**：
使用标准的物种树数据格式，通常是`ape`包中的`phylo`对象。例如，从`ape`的数据集`spp_tree`中选择一部分：

   spp_tree <- ape::spp_tree[1:5] # 只取前五个物种

3. **创建阶梯图**：
使用`stairway_plot()`函数，传入你的`phylo`对象和一些定制选项，如颜色、标签等：

   plot <- stairway_plot(spp_tree, color_by = "age", branch_labels = TRUE)

`color_by`参数可以根据节点属性（如年龄）改变颜色，`branch_labels`则显示分支长度。

4. **调整和展示**：
调整图形大小和布局，添加标题，然后通过`ggsave()`保存图像：

   plot + theme_minimal() +
     ggtitle("Species Tree with Stairway Plot") +
     ggsave("stairway_plot.png", width = 8, height = 6)