error flushing statements lock wait timeout exceeded try restarting transaction

这个错误通常是由于事务锁定超时引起的。当一个事务在等待另一个事务释放锁时，如果等待时间超过了MySQL设置的锁等待超时时间，就会出现这个错误。解决这个问题的方法有以下几种：
1. 增加锁等待超时时间：可以通过修改MySQL配置文件中的wait_timeout参数来增加锁等待超时时间。
2. 优化查询语句：如果查询语句执行时间过长，也会导致锁定超时。可以通过优化查询语句或者增加索引来提高查询效率。
3. 减少事务时间：尽量减少事务的执行时间，避免长时间占用锁资源。
4. 检查是否有死锁：如果多个事务之间存在循环依赖，就会导致死锁。可以通过查看MySQL的错误日志来检查是否有死锁情况发生。

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解释：Error flushing statements. Cause: org.sqlite.SQLiteException: [SQLITE_CONSTRAINT_PRIMARYKEY] A PRIMARY KEY constraint failed (UNIQUE constraint failed: AUDIT_SCORE_INTE_DATA_VAR.DATAINTE_VAR_ID) ### Cause: org.sqlite.SQLiteException: [SQLITE_CONSTRAINT_PRIMARYKEY] A PRIMARY KEY constraint failed (UNIQUE constraint failed: AUDIT_SCORE_INTE_DATA_VAR.DATAINTE_VAR_ID) ; uncategorized SQLException; SQL state [null]; error code [19]; [SQLITE_CONSTRAINT_PRIMARYKEY] A PRIMARY KEY constraint failed (UNIQUE constraint failed: AUDIT_SCORE_INTE_DATA_VAR.DATAINTE_VAR_ID); nested exception is org.sqlite.SQLiteException: [SQLITE_CONSTRAINT_PRIMARYKEY] A PRIMARY KEY constraint failed (UNIQUE constraint failed: AUDIT_SCORE_INTE_DATA_VAR.DATAINTE_VAR_ID)

这个错误是因为在执行 SQL 语句时，试图插入一个已经存在的主键，从而导致唯一性约束失败。具体来说，这个错误是由于在插入 AUDIT_SCORE_INTE_DATA_VAR 表中的数据时，试图插入一个已经存在的 DATAINTE_VAR_ID 主键所引起的。这个错误代码是 SQLITE_CONSTRAINT_PRIMARYKEY，表示主键约束失败。

Retrying HMSHandler after 2000 ms (attempt 9 of 10) with error: javax.jdo.JDODataStoreException: Exception thrown flushing changes to datastore

这个错误信息表明在尝试保存数据时出现了异常，可能是由于连接池连接数不足、数据库连接超时、数据库死锁等原因导致的。建议您检查数据库连接池配置，增加连接数、增加数据库连接超时时间、排查数据库死锁等问题，或者考虑使用更加稳定的数据库技术来避免这种问题的发生。同时，您也可以通过根据具体的错误信息进行排查和调试，例如查看具体的异常堆栈信息、SQL 日志等。