fviz_pca_biplot(iris.pca, col.var="black", label = "var", palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "# FC4E07"), addEllipses = TRUE, mean.point=F, geom.ind = "point", title = "", col .ind = iris$Group, )+ theme_classic()+ ggtitle("") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) 请修改R语言脚本,按iris表中组画设置信区,点的形状按Treatment列表,点颜色的填充按NAME列表
时间: 2023-07-19 19:38:41 浏览: 147
修改后的R语言脚本如下:
```
fviz_pca_biplot(iris.pca, col.var="black", label = "var", palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), addEllipses = TRUE, mean.point = F, geom.ind = "point", title = "", col.ind = iris$Group, shape = iris$Treatment, fill = iris$NAME) + theme_classic() + ggtitle("") + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
这里添加了两个参数 `shape` 和 `fill`,用于按照 `Treatment` 和 `NAME` 列表设置点的形状和颜色填充。
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fviz_pca_biplot(iris.pca, + col.var="black", #设置特征颜色为红色 + label = "var", #只标注变量,不标注样本 + palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),#三个组设置三种颜色 + addEllipses = TRUE, #添加边界线,默认为椭圆 + mean.point=F,#去除分组的中心点 + geom.ind = "point", + title = "", + col.ind = iris$Group, #根据样本类型来着色 + #fill.ind = iris$NAME, + shape = iris$Treatment, + fill = iris$NAME, + )+ + theme_classic()+ + ggtitle("") + #设置标题 + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) #设置标题位置居中 Error in fviz_pca_biplot(iris.pca, col.var = "black", label = "var", palette = c("#00AFBB", : argument 11 matches multiple formal arguments
这段代码中出现了多余的 `+` 符号,导致出现了错误。正确的代码应该是:
```
fviz_pca_biplot(iris.pca,
col.var = "black", # 设置特征颜色为黑色
label = "var", # 只标注变量,不标注样本
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), # 三个组设置三种颜色
addEllipses = TRUE, # 添加边界线,默认为椭圆
mean.point = F, # 去除分组的中心点
geom.ind = "point",
title = "",
col.ind = iris$Group, # 根据样本类型来着色
#fill.ind = iris$NAME,
shape = iris$Treatment, # 根据 Treatment 列来设置点的形状
fill = iris$NAME, # 根据 NAME 列来设置点的颜色填充
) +
theme_classic() +
ggtitle("") + # 设置标题
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) # 设置标题位置居中
```
在修改后的代码中,我们去掉了多余的 `+` 符号,使得代码能够正常运行。
fviz_pca_ind如何手动指定性状
在R语言中,可以使用`factoextra`包中的`fviz_pca_ind()`函数对PCA分析的结果进行可视化,其中`fviz_pca_ind()`函数可以用于绘制个体的散点图。如果要手动指定性状,可以按照如下步骤进行操作:
1. 首先,加载`factoextra`包,并读取数据。例如,可以使用以下代码加载`factoextra`包并读取数据:
```R
library(factoextra)
data(iris)
```
2. 对数据进行PCA分析,得到PCA分析的结果。例如,可以使用以下代码对数据进行PCA分析:
```R
pca_result <- prcomp(iris[,1:4], scale. = TRUE)
```
3. 定义性状向量,并使用`fviz_pca_ind()`函数对PCA分析的结果进行可视化。例如,可以使用以下代码手动指定性状为`c(1, 1, 2, 2, 3, 3)`:
```R
# 定义性状向量
my_trait <- c(1, 1, 2, 2, 3, 3)
# 使用fviz_pca_ind()函数对PCA分析的结果进行可视化,并手动指定性状向量
fviz_pca_ind(pca_result, repel = TRUE, habillage = my_trait, geom = "point", pointsize = 2) + theme_classic()
```
其中,`habillage`参数用于指定颜色分组变量,`geom`参数用于指定绘制的图形类型,`pointsize`参数用于指定点的大小,`theme_classic()`函数用于设置绘图主题。
请根据自己的数据和需求进行相应的调整。
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