如何使用Python调用RNAfold、RNAcofold等函数

可以使用ViennaRNA软件包中提供的Python接口来调用RNAfold、RNAcofold等函数。以下是一个示例代码：

import RNA

# 调用RNAfold函数，预测RNA序列的结构
seq = "GCGCGCGCUAUGCGCGCGC"
structure, mfe = RNA.fold(seq)
print("RNAfold prediction:")
print("Sequence: ", seq)
print("Structure: ", structure)
print("Minimum free energy: ", mfe)

# 调用RNAcofold函数，预测两个RNA序列的共折叠结构
seq1 = "GCGCGCGCUAUGCGCGCGC"
seq2 = "GCGCGCGCGCGCGCGCGC"
structure, mfe = RNA.cofold(seq1, seq2)
print("RNAcofold prediction:")
print("Sequence 1: ", seq1)
print("Sequence 2: ", seq2)
print("Structure: ", structure)
print("Minimum free energy: ", mfe)

在上面的示例代码中，我们首先导入RNA模块，然后分别调用RNAfold和RNAcofold函数来预测RNA序列的结构和两个RNA序列的共折叠结构。这些函数的返回值包括RNA结构和最小自由能（MFE）值。