请再python中利用scanpy库写一个程序对h5ad格式文件进行质控处理
时间: 2023-07-15 18:14:58 浏览: 305
将jpg或者png文件转换为h5文件的源码,python文件(可直接运行)
好的,下面是一个简单的质控处理程序,使用了 `scanpy` 和 `anndata` 库:
```python
import scanpy as sc
import anndata as ad
# 读取h5ad格式文件
adata = ad.read_h5ad('data.h5ad')
# 查看基因和细胞的数量
print('原始数据中包含 {} 个基因和 {} 个细胞。'.format(adata.n_vars, adata.n_obs))
# 过滤掉表达量低于1的基因和空细胞
sc.pp.filter_genes(adata, min_counts=1)
sc.pp.filter_cells(adata, min_counts=1)
# 查看过滤后的基因和细胞的数量
print('过滤后的数据中包含 {} 个基因和 {} 个细胞。'.format(adata.n_vars, adata.n_obs))
# 标准化数据
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
# 去除批次效应
sc.pp.combat(adata, key='batch', inplace=True)
# 保存处理后的数据
adata.write_h5ad('processed_data.h5ad')
```
该程序首先读取h5ad格式文件,然后对基因和细胞进行数量统计,并过滤掉表达量低于1的基因和空细胞。接着标准化数据并去除批次效应,最后将处理后的数据保存到h5ad格式文件中。
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