请将LiTS2017数据集处理成2D的png格式,其中要将我的标签变成灰度图背景灰度值0肝脏1肝脏肿瘤2,给出完整代码,我的LiTS2017数据集路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017,里面包含Training Batch 1,其中里面有图像,图像格式为volume-0.nii。和Training Batch 2,其中里面有标签,标签格式为segmentation-0.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,里面有image和mask两个文件夹,请将转换好的保存到对应的文件夹

时间: 2023-11-22 19:56:08 浏览: 255
以下是将LiTS2017数据集处理成2D的png格式,并将标签转换为灰度图的Python代码,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,里面有image和mask两个文件夹。 ```python import os import nibabel as nib import numpy as np from PIL import Image # 设置数据集路径 data_dir = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017' save_dir = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' # 创建保存路径 if not os.path.exists(save_dir): os.makedirs(os.path.join(save_dir, 'image')) os.makedirs(os.path.join(save_dir, 'mask')) # 读取数据 for i in range(1, 131): # 读取图像 image_path = os.path.join(data_dir, 'Training Batch 1', f'volume-{i}.nii') image_nii = nib.load(image_path) image_data = image_nii.get_fdata() # 读取标签 mask_path = os.path.join(data_dir, 'Training Batch 2', f'segmentation-{i}.nii') mask_nii = nib.load(mask_path) mask_data = mask_nii.get_fdata() # 处理数据 for j in range(image_data.shape[2]): # 将图像和标签转换为灰度图 img = Image.fromarray(np.uint8(image_data[:, :, j] / np.max(image_data[:, :, j]) * 255), mode='L') mask = Image.fromarray(np.uint8(mask_data[:, :, j] / np.max(mask_data[:, :, j]) * 255), mode='L') # 将标签转换为灰度图背景灰度值0肝脏1肝脏肿瘤2 mask = np.array(mask) mask[mask == 1] = 128 mask[mask == 2] = 255 mask[mask == 128] = 1 mask[mask == 255] = 2 mask = Image.fromarray(np.uint8(mask), mode='L') # 保存图像和标签 img.save(os.path.join(save_dir, 'image', f'volume-{i}-slice-{j}.png')) mask.save(os.path.join(save_dir, 'mask', f'segmentation-{i}-slice-{j}.png')) ``` 代码中,我们使用nibabel库读取.nii格式的数据,然后使用PIL库将数据转换为灰度图,并将标签转换为灰度图背景灰度值0肝脏1肝脏肿瘤2。最后将处理好的图像和标签保存到对应的文件夹中。

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