r语言给定表达谱基因名转id
时间: 2023-07-22 20:31:09 浏览: 54
你可以使用R语言中的biomaRt包来转换基因名为ID。以下是一个示例代码:
```R
library(biomaRt)
# 定义使用的Mart
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
# 设定需要的基因信息
attributes <- c("ensembl_gene_id", "external_gene_name")
# 设定要查询的基因名
gene_names <- c("BRCA1", "TP53", "EGFR")
# 查询基因信息
gene_info <- getBM(attributes = attributes, filters = "external_gene_name", values = gene_names, mart = ensembl)
# 输出结果
print(gene_info)
```
在这个例子中,我们使用biomaRt包从Ensembl数据库中查询了BRCA1、TP53和EGFR这三个基因的Ensembl ID和外部基因名。你可以根据自己的需要修改查询的基因名和要获取的基因信息。
相关问题
R语言给定基因名转id
您可以使用R语言中的biomaRt包来实现基因名转id的功能。下面是一个简单的示例代码:
```R
# 安装和加载biomaRt包
install.packages("biomaRt")
library(biomaRt)
# 选择需要查询的数据库
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
# 指定查询的基因名和id
genes <- c("BRCA1", "BRCA2")
attributes <- c("hgnc_symbol", "entrezgene")
# 查询并返回结果
result <- getBM(attributes = attributes, filters = "hgnc_symbol", values = genes, mart = ensembl)
# 输出结果
print(result)
```
输出结果将包含所查询基因的名称和id信息。请注意,查询的结果可能因所选数据库和基因名称而异。
R语言给定基因名转ID
你可以使用biomaRt包来将基因名转换成ID,以下是一个简单的例子:
首先,安装并加载biomaRt包:
``` r
install.packages("biomaRt")
library(biomaRt)
```
然后,选择你要使用的Mart(例如,Human genes (GRCh38.p13))和Dataset(例如,ENSEMBL Genes 104):
``` r
ensembl <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
```
接下来,使用getBM函数从Mart中获取基因名和ID信息:
``` r
genes <- c("BRCA1", "TP53", "EGFR")
gene_info <- getBM(attributes = c("hgnc_symbol", "ensembl_gene_id"), filters = "hgnc_symbol", values = genes, mart = ensembl)
```
通过这个例子,你可以将基因名 "BRCA1"、"TP53" 和 "EGFR" 转换为ENSEMBL ID。