r语言给定表达谱基因名转id
时间: 2023-07-22 09:31:09 浏览: 108
R语言-GWAS全基因组关联分析结果整理算法-方法笔记
你可以使用R语言中的biomaRt包来转换基因名为ID。以下是一个示例代码:
```R
library(biomaRt)
# 定义使用的Mart
ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
# 设定需要的基因信息
attributes <- c("ensembl_gene_id", "external_gene_name")
# 设定要查询的基因名
gene_names <- c("BRCA1", "TP53", "EGFR")
# 查询基因信息
gene_info <- getBM(attributes = attributes, filters = "external_gene_name", values = gene_names, mart = ensembl)
# 输出结果
print(gene_info)
```
在这个例子中,我们使用biomaRt包从Ensembl数据库中查询了BRCA1、TP53和EGFR这三个基因的Ensembl ID和外部基因名。你可以根据自己的需要修改查询的基因名和要获取的基因信息。
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