cufflink软件
时间: 2023-09-11 08:08:23 浏览: 57
Cufflinks是一种用于分析基因表达的软件工具。它可以根据RNA-seq数据,通过对比对结果进行处理,估计基因的表达水平。 Cufflinks软件的使用步骤如下:
1. 首先,您需要下载Cufflinks的安装包,并解压缩。您可以在官方网站上找到适用于您的系统的二进制文件进行直接下载和使用。
2. 安装Cufflinks。您需要在命令行中执行一系列命令,包括解压缩安装包、进入安装包目录、配置安装路径等。具体的安装命令如下:
```
$ tar zxvf cufflinks-2.0.2.tar.gz
$ cd cufflinks-2.0.2
$ ./configure --prefix=/path/to/cufflinks/install --with-boost=/usr/local/ --with-eigen=/usr/local/include//Eigen/
$ make
$ make install
```
3. 使用Cufflinks进行表达量评估。您需要在命令行中执行Cufflinks命令,指定输入文件和输出路径,以及相关参数。例如:
```
cufflinks -o cufflink_out1 -p 4 -G ../RefSeq_genes_hg
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