用python编程,实现FDR校正,并注释
时间: 2024-04-17 09:25:05 浏览: 437
当进行大量的统计假设检验时,有可能会出现假阳性(Type I error)的问题。FDR(False Discovery Rate)校正是一种用于控制这种错误率的方法。在Python中,可以使用statsmodels库来实现FDR校正。下面是一个简单的示例代码,用于对一组p值进行FDR校正并进行注释:
```python
import numpy as np
from statsmodels.stats.multitest import multipletests
# 假设有一组原始的p值
p_values = np.array([0.01, 0.02, 0.03, 0.04, 0.05, 0.06, 0.07, 0.08, 0.09, 0.1])
# 进行FDR校正
reject, p_corrected, _, _ = multipletests(p_values, method='fdr_bh')
# 输出校正后的p值和是否拒绝原假设的结果
for i in range(len(p_values)):
print(f"原始p值: {p_values[i]}, 校正后p值: {p_corrected[i]}, 是否拒绝原假设: {reject[i]}")
```
在这个示例中,我们使用了`multipletests`函数来进行FDR校正。其中,`method='fdr_bh'`表示使用Benjamini-Hochberg方法进行校正。校正后的p值保存在`p_corrected`数组中,而拒绝原假设的结果则保存在`reject`数组中。
请注意,在实际应用中,你需要将示例代码中的`p_values`替换为你自己的p值数组。另外,你还可以根据需要选择其他的FDR校正方法,如`method='fdr_by'`或`method='fdr_tsbh'`等。
希望这个示例能帮助到你实现FDR校正,并进行注释。如果有任何问题,请随时提问!
阅读全文