在设计一个数据库系统中的学生选课系统时，应如何利用InnoDB引擎优化表设计和索引，以确保数据完整性和高效查询？

设计学生选课系统时，首先要考虑数据的完整性和查询效率，这在很大程度上依赖于合理的表结构设计和有效的索引策略。以《数据库系统概论 第五版》第三章为例，我们可以创建三个基本表：`Course`, `Student` 和 `SC`（学生课程表）。为了确保数据的完整性，我们需要使用外键约束来保证表间关系，并且在设计时考虑查询效率。

参考资源链接：[《数据库系统概论》第三章基础表示例与源代码](https://wenku.csdn.net/doc/771zivssxy?spm=1055.2569.3001.10343)

`Course` 表可以设计为主键索引 (`Cno`) 和唯一索引 (`Cpno`)，以确保课程编号的唯一性，并通过外键约束限制课程负责人编号必须引用课程编号。这样可以确保数据的参照完整性，并提供高效的查询。

`SC` 表作为核心表，记录学生和课程之间的关系，通常会包含学生ID (`Sno`)、课程编号 (`Cno`) 和成绩 (`Score`) 等字段。由于涉及到多对多关系，可以考虑为 `Sno` 和 `Cno` 创建复合索引，这将极大地提升查询效率，尤其是涉及到学生和课程两者组合的查询。

`Student` 表用于存储学生信息，可以设置学号 (`Sno`) 为表的主键。对于学生姓名、性别等信息，如果没有查询效率的要求，可以不设置索引，以减少维护成本。

在创建这些表时，建议使用InnoDB存储引擎，因为它支持事务和外键，适合处理复杂的数据完整性要求。InnoDB还支持行级锁定和MVCC（多版本并发控制），在并发环境下可以提供更好的性能。

为了进一步优化查询，可以考虑使用EXPLAIN命令来分析SQL语句的执行计划，找出可能的性能瓶颈，并据此调整索引策略。

最后，为了确保数据的完整性，在表创建完毕后应开启外键检查（SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1），并且在应用层面也需要实现适当的逻辑来维护数据的完整性。

结合《数据库系统概论 第五版》提供的源代码和示例数据，可以在实际数据库环境中测试并调整这些设计策略，以达到最佳性能和数据完整性的平衡。

参考资源链接：[《数据库系统概论》第三章基础表示例与源代码](https://wenku.csdn.net/doc/771zivssxy?spm=1055.2569.3001.10343)